Виконання чотирьох аналізів на ампліфікацію нуклеїнової кислоти для виявлення SARS-COV-2 в Ефіопії

Дякуємо за відвідування Nature.com. Ви використовуєте версію браузера з обмеженою підтримкою CSS. Для найкращого досвіду ми рекомендуємо використовувати оновлений браузер (або вимкнути режим сумісності в Internet Explorer). Крім того, щоб забезпечити постійну підтримку, ми показуємо сайт без стилів та JavaScript.
Відразу відображає карусель з трьох слайдів. Використовуйте попередні та наступні кнопки, щоб переміщатися через три слайди за один раз, або використовуйте кнопки повзунка в кінці, щоб переміщатися через три слайди одночасно.
Починаючи з спалаху коронавірусної хвороби 2019 року (Covid-19), багато тестів на ампліфікацію комерційної нуклеїнової кислоти (NAAT) були розроблені по всьому світу і стали стандартними аналізами. Хоча кілька тестів були швидко розроблені та застосовані до лабораторних діагностичних тестів, продуктивність цих тестів не оцінювалася в різних умовах. Тому це дослідження мало на меті оцінити ефективність аналізу Biotech Abbott SARS-COV-2, DAAN, BGI та BIOTECH SANSURE за допомогою композиційного еталонного стандарту (CRS). Дослідження проводилось в Ефіопському інституті громадського здоров'я (EPHI) з 1 по 30 грудня 2020 року. З 164 зразків 59,1% були позитивними, а 40,9% були негативними для CRS. Позитивність біотехнології Sansure була значно низькою порівняно з CRS (P <0,05). Позитивність біотехнології Sansure була значно низькою порівняно з CRS (P <0,05). Полойитьльнеые -речовина Сансуре Біотехнологія Бкулі, що є вніселіонечани. Позитивні результати Sansure Biotech були значно нижчими порівняно з CRS (P <0,05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （p <0,05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （p <0,05）。 Ви сансур біотехнологія bbыlо зnaчitеlenо chennyше Положиїльнеых ретельтува по -повенинеї (p <0,05). Sansure Biotech мала значно менше позитивних результатів порівняно з CRS (P <0,05).Загальна згода чотирьох аналізів становила 96,3–100% порівняно з CRS. На додаток до низького рівня позитивності аналізу біотехнологічного аналізу Sansure, ефективність чотирьох аналізів була майже порівнянною. Таким чином, аналіз Sansure Biotech [лише дослідження (RUO)] вимагає додаткової перевірки для її використання в Ефіопії. Нарешті, слід враховувати додаткові дослідження для оцінки аналізів із відповідними претензіями виробника.
Лабораторне тестування є частиною Всесвітньої організації охорони здоров'я (ВООЗ) Стратегічного плану коронавірусної хвороби 2019 року (Covid-19) Готовність та реагування (SPRP). Хто радить, що країни повинні будувати лабораторні спроможність для поліпшення готовності, належного управління справами, пильності та швидкого реагування на проблеми охорони здоров'я. Це говорить про те, що роль лабораторії є ключовою для характеристики захворювання та епідеміології нових інфекційних агентів та контролю їх поширення.
Діагностика Covid-19 вимагає епідеміологічної та медичної інформації, особистих симптомів/ознак, рентгенографічних та лабораторних даних2. Оскільки у Китаї було повідомлено про спалах Ковіда-19, у Китаї, у всьому світі було розроблено багато тестів на ампліфікацію комерційної нуклеїнової кислоти (NAATS). Ланцюгова реакція зворотної транскрипції в режимі реального часу (RRT-PCR) використовувалася як звичайний та стандартний метод лабораторної діагностики важкого гострого дихального синдрому 2 (SARS-COV-2) 3 інфекції. Молекулярне виявлення SARS-COV-2, як правило, засноване на N (гена нуклеокапсидного білка), E (ген білка Envelope) та генів RDRP (залежна від РНК-полімерази генів РНК) в ORF1A/B (відкрита рамка 1A/B). ген) область, ідентифікована з вірусного геному. Вони вважаються основними збереженими областями, виявленими у вірусних геномах для розпізнавання вірусів4. Серед цих генів гени RDRP та E мають високу чутливість до аналітичного виявлення, тоді як N гена має низьку аналітичну чутливість5.
Продуктивність аналізів ПЛР може змінюватись залежно від різних факторів, таких як: реагенти екстракції, ампліфікація/реагенти виявлення, метод вилучення, якість ПЛР та інших інструментів. Станом на квітень 2020 року понад 48 різних діагностичних пристроїв з дев'яти країн отримали дозвіл на екстрене використання (ЄС) для діагностики Covid-196. В Ефіопії для виявлення ПЛР ПЛР використовуються понад 14 платформ у режимі реального часу в 26 установ громадського здоров'я, включаючи ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 та Quant-Studio7. Крім того, доступні різні набори тестів на ПЛР, такі як тест гена DAAN, тест Abbott SARS-COV-2, тест на біотехнологічний тест Sansure та тест BGI BGI. Незважаючи на те, що RRT-PCR є високочутливим, деякі пацієнти з Covid-19 повідомляють про помилкові негативні результати через недостатню кількість копій вірусної рибонуклеїнової кислоти (РНК) у зразках через неправильне збори, транспортування, зберігання та обробку та лабораторні тестування. Умови та дії персоналу8. Крім того, зразок або контрольне управління, поріг циклу (КТ) та перехресна реактивність з іншими патогенними нуклеїновими кислотами або неактивними/залишковими РНК SARS-COV-2 можуть призвести до помилкових позитивних результатів у аналізах RRT-PCR9. Таким чином, зрозуміло, що тести ПЛР дійсно можуть ідентифікувати носії генів, оскільки вони навіть не можуть розрізняти справді активні вірусні гени, тому тести можуть ідентифікувати лише носії, а не пацієнти10. Тому важливо оцінити діагностичні показники за допомогою стандартних методів у нашому налаштуванні. Незважаючи на те, що багато реагентів NAAT доступні в Ефіопському інституті громадського здоров’я (EPHI) та по всій країні, ще не було повідомлено про їх ефективність. Тому це дослідження мало на меті оцінити порівняльну ефективність наявних наявних наборів для виявлення SARS-COV-2 за допомогою RRT-PCR за допомогою клінічних зразків.
Всього в цьому дослідженні було включено 164 учасники з підозрою на Covid-19. Більшість зразків були з центрів лікування (118/164 = 72%), а решта 46 (28%) учасників-з центрів, що не обробляють. Серед учасників, які не лікувались у центрі, 15 (9,1%) мали клінічно підозрювані випадки, а 31 (18,9%) мали контакти підтверджених випадків. Дев'яносто три (56,7%) учасники були чоловіками, а середній (± SD) вік учасників становив 31,10 (± 11,82) років.
У цьому дослідженні були визначені позитивні та негативні показники чотирьох тестів на Covid-19. Таким чином, позитивні показники аналізу Abbott SARS-COV-2, аналізу DAAN Gene 2019-Ncov, аналіз BGI SARS-COV-2 та аналіз Sansure Biotech 2019-Ncov становили 59,1%, 58,5%, 57,9% та 55,5% відповідно. Оцінки позитивних та негативних композитних еталонних стандартів (CRS) становили 97 (59,1%) та 67 (40,9%) відповідно (табл. 1). У цьому дослідженні визначення CRS базувалося на "будь -якому позитивному" правилі, завдяки чому з чотирьох результатів тесту два або більше результатів тесту, які дали один і той же результат, вважалися справжніми позитивними чи негативними.
У цьому дослідженні ми виявили негативну відсоткову угоду (NPA) 100% (95% ДІ 94,6–100) для всіх аналізів порівняно з CRS. Аналіз біотехнології Sansure показав мінімальний ППА 93,8% (95% ДІ 87,2-97,1), а аналіз гена DAAN 2019-NCOV мав загальну згоду на 99,4% (95% ДІ 96,6-99,9). Навпаки, загальна згода між аналізом BGI SARS-COV-2 та аналізом Sansure Biotech 2019-NCOV становила 98,8% та 96,3% відповідно (табл. 2).
Коефіцієнт згоди Каппи Коена між результатами аналізу CRS та Abbott SARS-COV-2 був повністю послідовним (K = 1,00). Аналогічно, значення Kappa Cohen, виявлені DAAN GENE 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI та Sansure Biotech 2019-Ncov, також повністю відповідають CRS (K ≥ 0,925). У цьому порівняльному аналізі тест CHI-квадрата (тест MCNEMAR) показав, що результати аналізу Sansure Biotech 2019-NCOV значно відрізнялися від результатів CRS (p = 0,031) (табл. 2).
Як показано на фіг.1 Відсоток найнижчого значення КТ (<20 CT) аналізу Abbott SARS-COV-2 (комбінований ген RDRP та N) становив 87,6%, а значення CT Gene CT Sansure Biotech 2019-Ncov показав, що відсоток низького значення КТ (<20 кт) становив 50,3%, а високе значення КТ (36–40 CT)-3,2%. 1 Відсоток найнижчого значення КТ (<20 CT) аналізу Abbott SARS-COV-2 (комбінований ген RDRP та N) становив 87,6%, а значення CT Gene CT Sansure Biotech 2019-Ncov показав, що відсоток низького значення КТ (<20 кт) становив 50,3%, а високе значення КТ (36–40 CT)-3,2%.Як показано на фіг.1, Процант Orf1a/b analiза sansure biotech 2019-ncov pokaзaloro чtory proцent niзcogo зnачкея ct (<20 ct) Сосоля 50,3%, 36 Стовля 3,2%. 1, the percentage of the lowest Ct value (< 20 Ct) analysis of Abbott SARS-CoV-2 (combined gene RdRp and N) was 87.6%, and the Ct value of ORF1a/b gene analysis of Sansure Biotech 2019-nCoV showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) accounted for 50.3%, and high value Ct (36–40 Ct) accounted for 3,2%.如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 结合 rdrp 和 n 基因） 的最低 ct 值百分比 （<20 ct） 为 87,6%， Sansure Biotech 2019-Ncov 检测的 Orf1a/b 基因 ct 值显示低 ct 值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 (36 -40 ct) As shown in Figure 1, the lowest Ct value percentage (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 test (combination of RdRp and N gene) is 87.6%, the ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV test shows low Ct值(< 20 Ct) 的 percentage is 50.3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的 percentage is 3,2%. КАК ПОКАХАХАНО НАРИСУНКЕ 1, АНАЛІЙ АББОТТ САРС-КОВ-2 (Сойттамій Генх Рдрп і н) ієл Сомо Никое rазmerе 87,6%, а зnаченіе ct ghena orf1a/b v yssledovanyi sansure biotech 2019- analiз ncov kokaзal niзkiй ct. Як показано на малюнку 1, аналіз Abbott SARS-COV-2 (поєднання генів RDRP та N) мав найнижче відсоткове значення КТ (<20 ct) на 87,6%, тоді як значення КТ гена ORF1A/B в дослідженні Sansure Biotech 2019-аналіз NCOV показав низький КТ. Пропент Відсоток значень (<20 ct) становив 50,3%, а відсоток високих значень КТ (36–40 куб.) - 3,2%.Тест Abbott SARS-COV-2 B записав значення CT вище 30. З іншого боку, на аналізі BGI SARS-COV-2 Gene ORF1A/B мав високе значення CT (> 36 ct), становив 4% (рис. 1). З іншого боку, на аналізі BGI SARS-COV-2 Gene ORF1A/B мав високе значення CT (> 36 ct), становив 4% (рис. 1). С Другуй Сторон, Вжавезе Бгі Сарс-Ков-2 Ген Орф1а/б ymел Ввсокое зnачене (> 36 ct), prоцен. З іншого боку, в аналізі гена BGI SARS-COV-2 ORF1A/B мали високе значення КТ (> 36 КТ), відсоток яких становив 4% (рис. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ， orf1a/b 基因具有高 ct 值 （> 36 ct） 的百分比为 4%（图 1）。。。。。 З іншого боку, при виявленні BGI SARS-COV-2 відсоток гена ORF1A/B з високим значенням КТ (> 36 ct) становить 4% (рис. 1). С ДРУГОй Стороны, Вжавезе Бгі Сарс-Ков-2 Пройкаймі, аф1а/б с. З іншого боку, в аналізі BGI SARS-COV-2 відсоток генів ORF1A/B з високими значеннями КТ (> 36 кт) становив 4% (рис. 1).
У цьому дослідженні ми взяли 164 зразки носоглотника. Для всіх типів аналізів проводили ізоляцію та ампліфікація РНК за допомогою методів та наборів, рекомендованих відповідними виробниками.
Це дослідження продемонструвало, що тест Абботта на SARS-COV-2 має такі ж продуктивність виявлення, що і CRS, зі 100% позитивним, негативним та загальним узгодженням. Угода про Каппу Коена становить 1,00, що вказує на повну згоду з CRS. Аналогічне дослідження Університету Вашингтона в США виявило, що загальна чутливість та специфічність тесту Абботта на SARS-COV-2 становила 93% та 100% відповідно, порівняно з визначеним лабораторним аналізом (LDA) CDC. 11. Система виявлення Abbott SARS-COV-2 заснована на одночасному комбінованому виявленні генів N та RDRP, оскільки обидва гени є більш чутливими, мінімізуючи помилкові негативи12. Дослідження у Відні, Австрія також показало, що великі обсяги зразків екстракції та обсяги елюентів виявлення мінімізували ефекти розведення та підвищення ефективності виявлення13. Таким чином, ідеальна відповідність Абботта для аналізу SARS-COV-2 може бути пов'язана з системою виявлення платформи, яка одночасно виявляє комбінаторні гени, витягує велику кількість зразків (0,5 мл) і використовує велику кількість елюентів (40 мкл).
Наші результати також показали, що ефективність виявлення генетичного тесту DAAN була майже такою ж, як і у CRS. Це узгоджується з навчанням14, проведеним в університеті Анхуй в Хуїнані, Китай, та претензії виробника на 100% позитивну угоду. Незважаючи на повідомлення про послідовні результати, один зразок був помилковим негативним після повторного тестування одного і того ж елюату, але був позитивним у аналізах Abbott SARS-COV-2 та Sansure Biotech NCOV-2019. Це говорить про те, що в різних типах аналізів може бути мінливість. Тим не менш, у дослідженні, проведеному в Китаї15, результат аналізу генів DAAN суттєво відрізнявся (P <0,05) порівняно з визначеним лабораторним референтним аналізом. Тим не менш, у дослідженні, проведеному в Китаї15, результат аналізу генів DAAN суттєво відрізнявся (P <0,05) порівняно з визначеним лабораторним референтним аналізом. Тем -Ме, v Ісслесьяні, Проведенном -Киттам15, редеулнтат -даан гена зnаітилнона leboratornogo эthlennogo analyза. Однак у дослідженні в Китаї15 результат аналізу гена Даана суттєво відрізнявся (p <0,05) за їх лабораторним довідковим аналізом.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （p <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Ondnakoro v yssledorovaryry, provenedennom v -cythе15, rезuletы ghenetyчenescogо tе -даан Даан Даан Даан СРАВНІНІю С ЕГО эTHLONONыM LOBEBORATORNыM ТЕСТОМ. Однак у дослідженні в Китаї15 результати генетичного тесту Даана були суттєво різними (р <0,05) порівняно з його еталонним лабораторним тестом.Ця невідповідність може бути пов'язана з чутливістю референтного тесту для виявлення SARS-COV-2, і подальші дослідження можуть бути важливими для визначення причини.
Крім того, наше дослідження оцінювало порівняльну ефективність аналізу BGI SARS-COV-2 за допомогою CRS, показуючи відмінну позитивну відсоткову угоду (PPA = 97,9%), негативний відсотковий договір (NPA = 100%) та загальний відсотковий домовленість за статтю (OPA). .). = 98,8%). Значення Каппи Коена показали хорошу згоду (k = 0,975). Дослідження в Нідерландах16 та Китай15 показали послідовні результати. Тест BGI SARS-COV-2-це один тест на виявлення гена (ORF1A/B) з використанням 10 мкл ампліфікації/виявлення. Незважаючи на хорошу статистичну згоду з нашими довідковими результатами, аналіз пропустив два позитивні зразки (1,22%) загальної вибірки. Це може мати величезні клінічні наслідки для динаміки передачі як на рівні пацієнта, так і на громаді.
Іншим порівняльним аналізом, включеним у це дослідження, був аналіз Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Загальний відсоток відповідності становив 96,3%. Сила згоди також визначалася значенням Каппа Коена, що становило 0,925, що свідчить про повну згоду з CRS. Знову ж таки, наші результати ідентичні дослідженням, проведеним в Центральному Південному університеті в Чанші, Китаї, та в клінічному лабораторії народної лікарні Лючжоу, місто Лючжоу, Китай17. Незважаючи на те, що вищезгадана хороша статистична конкорданс була зафіксована, тест Chi-квадрата (тест MacNemar) показав, що результат аналізу біотехнології Sansure мав статистично значущу різницю порівняно з CRS (P <0,005). Незважаючи на те, що вищезгадана хороша статистична конкорданс була зафіксована, тест Chi-квадрата (тест MacNemar) показав, що результат аналізу біотехнології Sansure мав статистично значущу різницю порівняно з CRS (P <0,005). Нессмотян н-в, чtо блхлоуфаксіоровано Укзанное, аоруеете, ситіастеСко (Критерик -дамакрара) 0,005). Незважаючи на те, що була зафіксована хороша статистична угода, тест Chi-квадрата (тест MCNEMAR) показав, що результат аналізу біотехнології Sansure мав статистично значущу різницю порівняно з CRS (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （macnemar 检验） 表明 ， ， ， sansure biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异 （p <0,005）。" Нессмотрая НЕТМЕЙННОНО ВВЕТЕТЕЙСЬТІСТИЦЕСКОХЕ, КРИТЕРИКОРИХАЛЬХЕМАРАХЕЛЬНЕСЬКРАХЕЛЬНЕСЬКРАХЕЛЬНІЙСЬКИХ ДРАХАТЕТСЕТ Статіастичецевски Незважаючи на хорошу статистичну домовленість, зазначену вище, тест Chi-квадрата (тест McNemar) показав статистично значущу різницю (P <0,005) між аналізом біотехнології Sansure та CRS.Було виявлено, що шість зразків (3,66%) є помилковими негативами порівняно з CRS (додаткова таблиця 1); Це дуже важливо, особливо враховуючи динаміку передачі вірусу. Наведені вище дані також підтримують цю низьку швидкість виявлення15.
У цьому дослідженні значення КТ визначали для кожного аналізу та відповідної платформи, при цьому найменше середнє значення КТ повідомляється в аналізі Abbott SARS-COV-2. Цей результат може бути пов'язаний з одночасною комбінованою генетичною системою генетичного тестування Абботта для виявлення SARS-COV-2. Тому, згідно з малюнком 1, 87,6% результатів Abbott SARS-COV-2 мали значення КТ нижче 20. Лише невелика кількість результатів вибірки (12,4%) була в діапазоні 20-30. Значення КТ вище 30 не були записані. Окрім використання Абботта формату генетичного тестування панелі SARS-COV-2, цей результат може бути пов'язаний з нижньою межею виявлення (32,5 копії РНК/мл) 18, що втричі нижче, ніж нижня межа компанії в 100 копій РНК/мл. мл) 19.
Це дослідження має деякі обмеження: по -перше, у нас немає стандартних/довідкових методів [таких як вірусне навантаження або інші лабораторні тести (LDA)] через відсутність ресурсів. По -друге, всі зразки, використані в цьому дослідженні, були носоглотковими тампонами, тоді як результати не застосовуються до інших типів зразків, а по -третє, розмір вибірки був невеликим.
У цьому дослідженні порівняли ефективність чотирьох аналізів RRT-PCR для SARS-COV-2 за допомогою NasopharyNgeal зразків. Усі аналізи виявлення мали майже порівнянні показники, за винятком аналізу біотехнології Sansure. Крім того, низька швидкість позитивності була ідентифікована в аналізі біотехнології Sansure порівняно з CRS (P <0,05). Крім того, низька швидкість позитивності була ідентифікована в аналізі біотехнології Sansure порівняно з CRS (P <0,05). Кром, це, т tenstе Sansure biotech bbыlvыavlen nyзkiйpцent tpoжitеlnых rезulettautv rpora sravnenteю cs (p <0,055). Крім того, тест біотехнології Sansure показав низький відсоток позитивних результатів порівняно з CRS (P <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кроме, Аналя Сансур Біотех, що є наникойм, а -Плойийлныхе, Крім того, аналіз біотехнології Sansure мав нижчий рівень позитивності порівняно з CRS (P <0,05).Аналіз Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) PPA, NPA та загальна угода перевищили 93,5% із великою вартості домовленості Коена Каппа 0,925. Нарешті, аналіз біотехнологічного аналізу Sansure (RUO) потребує подальшої перевірки використання в Ефіопії, і слід враховувати додаткові дослідження для оцінки претензій окремих виробників.
Порівняльна конструкція дослідження була проведена в чотирьох закладах охорони здоров'я в Аддіс -Абебі, лікарні Ека Котебе, Центр лікування церков тисячоліття, Меморіальній лікарні Зевудіту та спеціалізована лікарня Св. Петра. Дані були зібрані між 1 та 31 грудня 2020 року. Медичні установи для цього дослідження були цілеспрямовано обрані на основі їх великої кількості випадків та наявності основних центрів лікування в місті. Аналогічно, інструменти, включаючи інструменти ПЛР ABI 7500 та Abbott M2000, були відібрані відповідно до рекомендацій виробників реагентів NAAT, і для цього дослідження було обрано чотири набори для виявлення ПЛР, оскільки більшість лабораторій Ефіопії використовували щонайменше чотири з них. Тест гена, тест Abbott SARS-COV-2, тест на біотехнологію Sansure та тест BGI SARS-COV-2, проведений під час дослідження).
Тестування на SARS-COV-2 проводили з 1 по 30 грудня 2020 року, використовуючи 3 мл вірусного транспортного середовища (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) від осіб, що досліджувались на Ковід-19, згадані до Ефі. Зразки носоглотника збирали підготовленими колекціонерами зразків та відправляли в EPHI в потрійних пакетах. До ізоляції нуклеїнової кислоти кожному зразку присвоюється унікальний ідентифікаційний номер. Вилучення проводиться з кожного зразка відразу після прибуття за допомогою ручних та автоматичних методів вилучення. Таким чином, для автоматичного видобутку Abbott M2000 1,3 мл (включаючи 0,8 мл мертвого об'єму та 0,5 мл впускного об'єму) зразка витягували з кожного зразка і проходили через систему підготовки зразка ДНК Abbott (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, США). ) У загальному процесі (пошук та виявлення) було включено партію з 96 [92 зразків, два елементи контролю виявлення та два елементи, що не мають шаблону (NTC)] у загальному процесі (пошук та виявлення) двох раундів SARS-COV-2 (EUA) в режимі реального часу. видобуток. Аналогічно, для вилучення вручну використовуйте однакові зразки (для автоматичного вилучення та виявлення). Таким чином, протягом усього процесу 140 мкл зразків аликвотували та екстрагували за допомогою міні -набору вірусної РНК Qiaamp (Qiagen GmbH, Hilden, Німеччина) у партіях 24 (включаючи 20 зразків, два контролі аналізу та два НТК) протягом дев'яти раундів. Вручну витягнуті елюати ампліфікували та виявляли за допомогою термічного циклера ABI 7500 за допомогою аналізу BGI BGI, аналізу гена DAAN та аналізу біотехнології Sansure.
Автоматизована ізоляція та очищення вірусної РНК SARS-COV-2 відповідає принципу магнітного бісеру з використанням реагентів на зразок зразка ДНК Abbott. Інактивація зразків та солюбілізація вірусних частинок проводяться за допомогою миючого засобу, що містить ізотіоціанат гуанідину для денатури білка та інактивації РНКази. Потім РНК відокремлюють від білка шляхом поділу твердої фази за допомогою кремнезему, тобто солі гуанідінію та лужний рН буфера лізису сприяють зв'язуванню нуклеїнових кислот з кремнеземом (SiO2). Етап промивання видаляє залишки білків і сміття для отримання чіткого розчину. Прозора РНК виділяється з мікрочастинок на основі кремнезему за допомогою магнітного поля інструменту20,21. З іншого боку, ручна ізоляція та очищення РНК проводяться методом спінового стовпчика за допомогою центрифугування замість магнітної трибуни та відокремлення мікрочастинок від елюента.
Тест на виявлення Abbott в реальному часі CARS-2 (Abbott Molecular, Inc.) був проведений згідно з інструкціями виробника, які отримали EUA19,22 від ВООЗ та FDA. У цьому протоколі інактивація зразка до вилучення проводили на водяній бані при 56 ° С протягом 30 хв. Після інактивації вірусу екстракцію нуклеїнової кислоти проводили на інструменті Abbott M2000 SP від ​​0,5 мл VTM за допомогою системи підготовки зразків ДНК Abbott M2000. За словами виробника. Ампліфікація та виявлення проводили за допомогою інструменту Abbott M2000 RT-PCR, а подвійне виявлення проводили для генів RDRP та N. ROX) та VIC P (фірмовий барвник) для націлювання та виявлення внутрішніх контрольних груп, що дозволяє одночасно виявити обидва продукти ампліфікації 19.
Метод виявлення ампліфікації цього набору заснований на одноетапній технології RT-PCR. Гени ORF1A/B і N були обрані як збережених регіонів технологією DAAN Gene Technology для виявлення ампліфікації цільової області. Специфічні праймери та флуоресцентні зонди (N зондів генів, позначені FAM, ORF1A/B зонди, позначені VIC), були розроблені для виявлення РНК SARS-COV-2 у зразках. Кінцеві елюентні та головні суміші готували шляхом додавання 5 мкл елюентів до 20 мкл головної суміші до кінцевого об'єму 25 мкл. Ампліфікація та виявлення проводили одночасно на інструменті ПЛР в реальному часі ABI 750024.
Гени ORF1A/B і N були виявлені за допомогою комплекту діагностики нуклеїнової кислоти Sansure Biotech NCOV-2019 (флуоресцентна ПЛР). Підготуйте конкретні зонди для кожного цільового гена, вибравши канал FAM для області ORF1A/B та каналу ROX для N гена. До цього набору для аналізу додається елюентне та головне суміш реагентів наступним чином: готуйте 30 мкл реагенту Master Mix та 20 мкл елюйованого зразка для виявлення/ампліфікації. ПЛР в режимі реального часу ABI 750025 використовували для посилення/виявлення.
Тест на BGI SARS-COV-2-це флуоресцентний набір RRT-PCR в реальному часі для діагностики Covid-19. Цільова область розташована в області ORF1A/B геному SARS-COV-2, що є єдиним методом виявлення генів. Крім того, ген домашнього господарства β-актин-це внутрішньо регульований ген цільового гена. Основну суміш готують шляхом змішування 20 мкл реагенту головного суміші та 10 мкл екстрагуваної зразка РНК у свердловині тарілки26. Для ампліфікації та виявлення використовували кількісну кількісну кількість ПЛР в реальному часі ABI 7500. Всі ампліфікація нуклеїнової кислоти, умови запуску ПЛР для кожного аналізу та інтерпретація результатів проводили відповідно до інструкцій виробника (табл. 3).
У цьому порівняльному аналізі ми не використовували довідковий стандартний метод для визначення відсоткової згоди (позитивної, негативної та загальної) та інших параметрів порівняння для чотирьох аналізів. Кожне порівняння тесту було проведено за допомогою CRS, у цьому дослідженні CRS було встановлено правилом "будь -яким позитивним", і результат був визначений, а не одним тестом, ми використовували щонайменше два відповідні результати тесту. Крім того, у випадку передачі Covid-19 помилкові негативні результати є більш небезпечними, ніж помилкові позитивні результати. Тому, щоб сказати «позитивні» якомога точніше з результату CRS, принаймні два тести на аналіз повинні бути позитивними, це означає, що принаймні один позитивний результат, ймовірно, надходить з аналізу ЄСА. Таким чином, з чотирьох результатів тесту два або більше результатів тестів, які дають один і той же результат, вважаються справжніми позитивними або негативними18,27.
Дані збирали за допомогою структурованих форм вилучення даних, введення та аналіз даних проводили за допомогою статистичного програмного забезпечення Excel та SPSS версії 23.0 для описової статистики. Проаналізовано позитивну, негативну та загальну відсоткову згоду, а оцінка Kappa була використана для визначення ступеня узгодження кожного методу з CRS. Значення Kappa інтерпретуються наступним чином: 0,01 до 0,20 для легкої угоди, 0,21 до 0,40 для загальної згоди, 0,41-0,60 для помірної угоди, 0,61-0,80 для великої угоди та 0,81-0,99 для повної угоди28.
Етичний кліренс був отриманий з Університету Аддіс -Абеби, і всі експериментальні протоколи цього дослідження були затверджені Радою з огляду наукової етики Ефіопського інституту охорони здоров'я. Довідковий номер для ліцензії на етику EPHI-EPHI/IRB-279-2020. Усі методи застосовувались відповідно до рекомендацій та положень ефіопських національних всеосяжних рекомендацій щодо поводження з Covid-19. Крім того, до участі у дослідженні було отримано письмову інформовану згоду.
Усі дані, отримані або проаналізовані в цьому дослідженні, включаються до цієї опублікованої статті. Дані, що підтверджують результати цього дослідження, доступні у відповідного автора за розумним запитом.
Всесвітня організація охорони здоров’я. Рекомендації щодо лабораторних стратегій тестування для Covid-19: Тимчасове керівництво, 21 березня 2020 р. № WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Смарт-діагностика у відділенні надзвичайних ситуацій: All-in на практиці. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Смарт-діагностика у відділенні надзвичайних ситуацій: All-in на практиці.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. and Gurgulianis, KI Інтелектуальна діагноз Covid-19 у відділенні невідкладної допомоги: все на практиці.Muliou DS, Pantazopoulos I. та Gurguleanis KI Інтелектуальна діагностика Covid-19 в відділеннях надзвичайних ситуацій: інтеграція в кінці на практиці. Експерт Преосвященний Дестр. ліки. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Mitchell, SL & St George, K.Мітчелл, С.Л. та Сент -Джордж, К.Мітчелл С.Л. та Сент -Джордж К. Дж. Клінічний. Вірус. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
ВООЗ. Лабораторне виявлення коронавірусної хвороби 2019 року (Covid-19) при підозрі на хворобу людини. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (доступ до 15 серпня 2020 р.) (WHO, 2020).
Удугама, Б. та ін. Covid-19 Діагноз: захворювання та інструменти тестування. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Створення коледжу патологів східної, центральної та південної Африки - регіональної школи патології Близького Сходу та Південної Африки. Африка. Дж. Лабораторія. ліки. 9 (1), 1-8 (2020).
Ефіопський інститут охорони здоров'я, Федеральне міністерство охорони здоров'я. Тимчасова національна стратегія та настанови щодо лабораторної діагностики Ковіда-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (доступ до 12 серпня 2020 р.) (Ephi, 2020).
WOLOSHIN, S., PATEL, N. & KESSELHEIM, як помилкові негативні тести на проблеми та наслідки інфекції SARS-COV-2. WOLOSHIN, S., PATEL, N. & KESSELHEIM, як помилкові негативні тести на проблеми та наслідки інфекції SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. та Kesselheim як помилково негативні тести на інфекції SARS-COV-2 та їх наслідки.Voloshin S., Patel N. та Kesselheim як помилково негативні тести на провокацію та вплив інфекції SARS-COV-2. Н. англ. Дж. Медицина. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI помилково-позитивні та помилково негативні випадки Covid-19: стратегії профілактики та управління диханнями, вакцинація та подальші перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI помилково-позитивні та помилково негативні випадки Covid-19: стратегії профілактики та управління диханнями, вакцинація та подальші перспективи. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki vloжnopoloжitplelые і лишножно-кістельнеш-ковід-19: ретерикатськоях, ретерика, аптіки, аптіки. Вакцинаїя і Дальнейшіе Прспектін. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI помилкові позитивні та помилкові негативні випадки Covid-19: стратегії профілактики та лікування дихання, вакцинація та шлях вперед.Muliu, DS та Gurgulianis, KI помилково-позитивні та помилково негативні випадки Covid-19: стратегії профілактики та лікування дихання, вакцинацію та шлях вперед. Експерт Преосвященний Дестр. ліки. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Діагноз у відділенні невідкладної допомоги: бачачи дерево, але втрачаючи ліс. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Діагноз у відділенні невідкладної допомоги: бачачи дерево, але втрачаючи ліс.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Konstantinos, G. Covid-19 Діагностика у відділенні невідкладної допомоги: див. Дерево, втрачайте ліс.Muliou DS, Ioannis P. та Konstantinos G. Covid-19 Діагноз у відділеннях швидкої допомоги: недостатньо лісу для дерев. З'явитися. ліки. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Валідація та перевірка аналітичного та клінічного показника аналізу Abbott в реальному часі SARS-COV-2. Дж. Клінічний. Вірус. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatonian, B. Порівняння п’яти наборів праймерів з різних областей геному Covid-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatonian, B. Порівняння п'яти наборів праймерів з різних областей геному Covid-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. and Aflatunyan, B. Порівняння п'яти наборів праймерів з різних областей геному Covid-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 rt-pCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatonian, B. Порівняння 5 різних генетичних областей Covid-19 для виявлення вірусної інфекції звичайними RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. та Aflatunyan B. Порівняння п’яти наборів праймерів з різних областей геному Covid-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR.Іран. Дж. Мікробіологія. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. та ін. Попередні результати Національної програми оцінювання зовнішньої якості для виявлення послідовностей геномів SARS-COV-2. Дж. Клінічний. Вірус. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ван, М. та ін. Аналітична оцінка ефективності п’яти наборів RT-PCR для важкого гострого дихального синдрому коронавірусу 2. J. Clinical. лабораторія. задній прохід. 35 (1), E23643 (2021).
Ван Б. та ін. Оцінка семи комерційно доступних наборів для виявлення РНК SARS-2 в Китаї на основі ланцюгової реакції полімерази в реальному часі (ПЛР). клінічний. Хімічна речовина. лабораторія. ліки. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB та ін. Порівняння семи комерційних наборів діагностичних наборів RT-PCR Covid-19. Дж. Клінічний. Вірус. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu та ін. Порівняння діагностичних показників двох наборів ПЛР для виявлення нуклеїнових кислот SARS-COV-2. Дж. Клінічний. лабораторія. задній прохід. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR тощо. Порівняльне дослідження чотирьох платформ тестування нуклеїнової кислоти SARS-COV-2 (NAAT) показало, що продуктивність ID зараз значно погіршена залежно від типу пацієнта та зразка. діагноз. мікробіологія. Зараження. Дис. 99 (1), 115200 (2021).
Молекула Ебботта. Abbott в реальному часі пакет аналізу в реальному часі в реальному часі. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Станом на 10 серпня 2020 р.) (2020).
Klein, S. et al. Ізоляція РНК SARS-COV-2 з використанням магнітних намистин для швидкого масштабного виявлення за допомогою RT-QPCR та RT-LAMP. Вірус 12 (8), 863 (2020).