中文网站
Дякуємо, що відвідали Nature.com. Ви використовуєте версію браузера з обмеженою підтримкою CSS. Для найкращої роботи радимо використовувати оновлений браузер (або вимкнути режим сумісності в Internet Explorer). Крім того, щоб забезпечити постійну підтримку, ми показуємо сайт без стилів і JavaScript.
Відображає карусель із трьох слайдів одночасно. Використовуйте кнопки «Попередній» і «Наступний», щоб переходити по трьох слайдах одночасно, або використовуйте кнопки повзунка в кінці, щоб переходити по трьох слайдах одночасно.
Після спалаху коронавірусної хвороби (COVID-19) у 2019 році в усьому світі було розроблено багато комерційних тестів ампліфікації нуклеїнової кислоти (NAAT), які стали стандартними тестами. Незважаючи на те, що кілька тестів були швидко розроблені та застосовані для лабораторних діагностичних тестів, ефективність цих тестів не була оцінена в різних умовах. Таким чином, це дослідження мало на меті оцінити ефективність аналізів Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI та Sansure Biotech за допомогою композитного еталонного стандарту (CRS). Дослідження проводилося в Ефіопському інституті громадського здоров’я (EPHI) з 1 по 30 грудня 2020 року. 164 зразки з носоглотки були витягнуті за допомогою міні-набору QIAamp RNA та системи підготовки зразків ДНК Abbott. Зі 164 зразків 59,1% були позитивними, а 40,9% – негативними на CRS. Позитивність Sansure Biotech була значно низькою порівняно з CRS (p <0,05). Позитивність Sansure Biotech була значно низькою порівняно з CRS (p <0,05). Позитивні результати Sansure Biotech були значно нижчими порівняно з CRS (p < 0,05). Позитивні результати Sansure Biotech були значно нижчими порівняно з CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低．(p <0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低．(p <0,05). У Sansure Biotech було значно менше позитивних результатів порівняно з CRS (p < 0,05). Sansure Biotech показав значно менше позитивних результатів порівняно з CRS (p <0,05).Загальна згода чотирьох аналізів становила 96,3–100% порівняно з CRS. На додаток до низького рівня позитивності аналізу Sansure Biotech, продуктивність чотирьох аналізів була майже порівнянною. Таким чином, аналіз Sansure Biotech [тільки для досліджень (RUO)] вимагає додаткової перевірки для його використання в Ефіопії. Нарешті, слід розглянути додаткові дослідження, щоб оцінити аналізи з відповідними заявами виробника.
Лабораторне тестування є частиною Стратегічного плану Всесвітньої організації охорони здоров’я (ВООЗ) щодо готовності та реагування на коронавірусну хворобу (COVID-19) на 2019 рік (SPRP). ВООЗ радить, що країни мають нарощувати лабораторний потенціал для покращення готовності, належного ведення випадків, пильності та швидкого реагування на проблеми громадського здоров’я. Це свідчить про те, що роль лабораторії є ключовою для характеристики захворювання та епідеміології нових інфекційних агентів і контролю їх поширення.
Діагноз COVID-19 вимагає епідеміологічної та медичної інформації, особистих симптомів/ознак, рентгенологічних і лабораторних даних2. Після того як в Ухані, Китай, було повідомлено про спалах COVID-19, у всьому світі було розроблено багато комерційних тестів ампліфікації нуклеїнової кислоти (NAAT). Полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією в реальному часі (rRT-PCR) використовується як рутинний і стандартний метод лабораторної діагностики інфекції важкого гострого респіраторного синдрому 2 (SARS-CoV-2)3. Молекулярне виявлення SARS-CoV-2 зазвичай базується на генах N (ген нуклеокапсидного білка), E (ген білка оболонки) і RdRp (ген РНК-залежної РНК-полімерази) в ORF1a/b (відкрита рамка зчитування 1a/b) . ген) область, ідентифікована з вірусного генома. Вони вважаються основними законсервованими ділянками вірусних геномів для розпізнавання вірусів4. Серед цих генів гени RdRp і E мають високу аналітичну чутливість виявлення, тоді як ген N має низьку аналітичну чутливість5.
Ефективність аналізів ПЛР може змінюватися залежно від різних факторів, таких як: реагенти для екстракції, реагенти для ампліфікації/виявлення, метод екстракції, якість апарату для ПЛР та інших інструментів. Станом на квітень 2020 року понад 48 різних діагностичних пристроїв із дев’яти країн отримали дозвіл на екстрене використання (EUA) для діагностики COVID-196. В Ефіопії понад 14 платформ ПЛР у реальному часі використовуються для ПЛР-виявлення SARS-CoV-2 у 26 установах охорони здоров’я, включаючи ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 і Quant-studio7. Крім того, доступні різні набори для тестування ПЛР, такі як тест Daan Gene, тест Abbott SARS-CoV-2, тест Sansure Biotech і тест SARS-CoV-2 BGI. Хоча rRT-PCR є дуже чутливим, деякі пацієнти з COVID-19 повідомляють про хибно негативні результати через недостатню кількість копій вірусної рибонуклеїнової кислоти (РНК) у зразках через неправильний збір, транспортування, зберігання та обробку, а також лабораторні дослідження. умови та дії персоналу8. Крім того, неправильне поводження зі зразком або контролем, встановлення порогу циклу (Ct) і перехресна реактивність з іншими патогенними нуклеїновими кислотами або неактивною/залишковою РНК SARS-CoV-2 можуть призвести до хибнопозитивних результатів аналізів rRT-PCR9. Таким чином, очевидно, що ПЛР-тести дійсно можуть ідентифікувати носіїв фрагментів генів, оскільки вони навіть не можуть розрізнити справді активні вірусні гени, тому тести можуть ідентифікувати лише носіїв, а не пацієнтів10. Тому в наших умовах важливо оцінювати ефективність діагностики за допомогою стандартних методів. Незважаючи на те, що багато реагентів NAAT доступні в Ефіопському інституті громадського здоров’я (EPHI) і по всій країні, жодної порівняльної оцінки їхньої ефективності ще не повідомлялося. Таким чином, це дослідження мало на меті оцінити порівняльну ефективність комерційно доступних наборів для виявлення SARS-CoV-2 методом rRT-PCR з використанням клінічних зразків.
У цьому дослідженні взяли участь 164 учасники з підозрою на COVID-19. Більшість зразків були з центрів лікування (118/164 = 72%), тоді як решта 46 (28%) учасників були з центрів без лікування. Серед учасників, які не отримували лікування в центрі, 15 (9,1%) мали клінічно підозрювані випадки, а 31 (18,9%) мали контакти з підтвердженими випадками. Дев'яносто три (56,7%) учасники були чоловіками, а середній (± SD) вік учасників становив 31,10 (± 11,82) років.
У цьому дослідженні було визначено позитивні та негативні показники чотирьох тестів на COVID-19. Таким чином, показники позитивних результатів аналізів Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene 2019-nCoV assay, SARS-CoV-2 BGI assay та Sansure Biotech 2019-nCoV assay становили 59,1%, 58,5%, 57,9% і 55,5% відповідно . Позитивний і негативний композитний еталонний стандарт (CRS) оцінки становили 97 (59,1%) і 67 (40,9%) відповідно (табл. 1). У цьому дослідженні визначення CRS ґрунтувалося на правилі «будь-який позитивний», відповідно до якого з чотирьох результатів тесту два або більше результатів тесту, які дали однаковий результат, вважалися дійсно позитивними або негативними.
У цьому дослідженні ми виявили негативну процентну згоду (NPA) 100% (95% ДІ 94,6–100) для всіх аналізів порівняно з CRS. Аналіз Sansure Biotechnology показав мінімальний PPA 93,8% (95% ДІ 87,2-97,1), а аналіз Daan Gene 2019-nCoV мав загальну згоду 99,4% (95% ДІ 96,6-99,9). Навпаки, загальна згода між аналізом SARS-CoV-2 BGI і аналізом Sansure Biotech 2019-nCoV становила 98,8% і 96,3% відповідно (таблиця 2).
Коефіцієнт каппа Коена збігався між результатами аналізу CRS і SARS-CoV-2 компанії Abbott (K = 1,00). Подібним чином, значення каппа Коена, виявлені Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI та Sansure Biotech 2019-nCoV, також повністю відповідають CRS (K ≥ 0,925). У цьому порівняльному аналізі тест хі-квадрат (тест МакНемара) показав, що результати аналізу Sansure Biotech 2019-nCoV значно відрізнялися від результатів CRS (p = 0,031) (табл. 2).
Як показано на рис.1 відсоток найнижчого значення Ct (< 20 Ct) аналізу Abbott SARS-CoV-2 (комбінований ген RdRp і N) становив 87,6%, а значення Ct гена ORF1a/b аналізу Sansure Biotech 2019-nCoV показало, що відсоток низького Значення Ct (< 20 Ct) становило 50,3% і високе значення Ct (36–40 Ct) становив 3,2%. 1 відсоток найнижчого значення Ct (< 20 Ct) аналізу Abbott SARS-CoV-2 (комбінований ген RdRp і N) становив 87,6%, а значення Ct гена ORF1a/b аналізу Sansure Biotech 2019-nCoV показало, що відсоток низького Значення Ct (< 20 Ct) становило 50,3% і високе значення Ct (36–40 Ct) становив 3,2%.Як показано на рис.1, відсоток найменшого значення Ct (< 20 Ct) аналіз Abbott SARS-CoV-2 (комбінований ген RdRp і N) склав 87,6%, а значення Ct гена ORF1a/b аналіз Sansure Biotech 2019-nCoV показав, що відсоток низького значення Ct (< 20 Ct) становив 50,3%, а високе значення Ct (36–40 Ct) становило 3,2%. 1, відсоток найнижчого значення Ct (< 20 Ct) аналізу Abbott SARS-CoV-2 (комбінований ген RdRp і N) становив 87,6%, а значення Ct аналізу гена ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV показав що відсоток низького значення Ct (< 20 Ct) становив 50,3%, а високого значення Ct (36–40 Ct) становили 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87,6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%,高Ct 值(36–40 Ct)的百分比为3,2%。 Як показано на малюнку 1, найнижчий відсоток значення Ct (< 20 Ct) у тесті Abbott SARS-CoV-2 (поєднання гена RdRp і N) становить 87,6%, значення Ct гена ORF1a/b у тесті Sansure Biotech 2019-nCoV показує низький Ct值(< 20 Ct) 的 відсоток становить 50,3%, Відсоток 高Ct 值(36–40 Ct) 的 становить 3,2%. Як показано на малюнку 1, аналіз Abbott SARS-CoV-2 (складаючий гени RdRp і N) мав лише низьке процентне значення Ct (< 20 Ct) розміром 87,6%, значення Ct гена ORF1a/b в дослідженні Sansure Biotech 2019 - Аналіз nCoV показав низький Ct. Як показано на малюнку 1, аналіз Abbott SARS-CoV-2 (комбінація генів RdRp і N) мав найнижче значення Ct (< 20 Ct) на рівні 87,6%, тоді як значення Ct гена ORF1a/b у Sansure Дослідження Biotech 2019 – Аналіз nCoV показав низький Ct. Відсоток значень (< 20 Ct) склав 50,3%, а відсоток високих значень Ct (36–40 Ct) склав 3,2%. Відсоток значень (< 20 Ct) склав 50,3%, а відсоток високих значень Ct (36–40 Ct) склав 3,2%.Тест Abbott SARS-CoV-2 B зафіксував значення Ct вище 30. З іншого боку, в аналізі BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b мав високе значення Ct (> 36 Ct), відсоток становив 4% (рис. 1). З іншого боку, в аналізі BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b мав високе значення Ct (> 36 Ct), відсоток становив 4% (рис. 1). З іншої сторони, в аналізі BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b мав високе значення Ct (> 36 Ct), процент якого становив 4% (рис. 1). З іншого боку, при аналізі BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b мав високе значення Ct (> 36 Ct), частка якого становила 4% (рис. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%(图1）。 З іншого боку, при виявленні BGI SARS-CoV-2 відсоток гена ORF1a/b з високим значенням Ct (>36 Ct) становить 4% (рис. 1). З іншої сторони в аналізі BGI SARS-CoV-2 відсоток генів ORF1a/b з високими значеннями Ct (>36 Ct) склав 4% (рис. 1). З іншого боку, в аналізі BGI SARS-CoV-2 відсоток генів ORF1a/b з високими значеннями Ct (>36 Ct) становив 4% (рис. 1).
У цьому дослідженні ми взяли 164 проби з носоглотки. Для всіх типів аналізів виділення та ампліфікацію РНК проводили за допомогою методів і наборів, рекомендованих відповідними виробниками.
Це дослідження продемонструвало, що тест Еббота на SARS-CoV-2 має таку саму ефективність виявлення, як CRS, зі 100% позитивною, негативною та загальною відповідністю. Коефіцієнт каппа Коена становить 1,00, що вказує на повну згоду з CRS. Подібне дослідження, проведене Університетом Вашингтона в США, показало, що загальна чутливість і специфічність тесту Еббота на SARS-CoV-2 становила 93% і 100% відповідно в порівнянні з лабораторно визначеним аналізом (LDA) CDC. . 11. Система виявлення SARS-CoV-2 компанії Abbott заснована на одночасному комбінованому виявленні генів N і RdRp, оскільки обидва гени більш чутливі, що зводить до мінімуму помилкові негативні результати12. Дослідження, проведене у Відні, Австрія, також показало, що великі об’єми зразків екстракції та об’єми елюентів для виявлення мінімізували ефекти розведення та підвищили ефективність виявлення13. Таким чином, ідеальний збіг Abbott для аналізу SARS-CoV-2 можна пов’язати з системою виявлення платформи, яка одночасно виявляє комбінаторні гени, витягує велику кількість зразків (0,5 мл) і використовує велику кількість елюенту (40 мкл).
Наші результати також показали, що ефективність виявлення генетичного тесту Daan була майже такою ж, як і CRS. Це узгоджується з дослідженням14, проведеним в Університеті Аньхой в Хуайнані, Китай, і заявою виробника про 100% позитивну згоду. Незважаючи на звіти про послідовні результати, один зразок був хибнонегативним після повторного тестування того самого елюату, але виявився позитивним в аналізах Abbott SARS-CoV-2 і Sansure Biotech nCoV-2019. Це свідчить про те, що результати різних типів аналізів можуть відрізнятися. Тим не менш, у дослідженні, проведеному в Китаї15, результат аналізу гена Daan суттєво відрізнявся (p < 0,05) порівняно з лабораторно визначеним еталонним аналізом. Тим не менш, у дослідженні, проведеному в Китаї15, результат аналізу гена Daan суттєво відрізнявся (p < 0,05) порівняно з лабораторно визначеним еталонним аналізом. Тем не менше, в дослідженні, проведеному в Китаї15, результат аналізу Daan Gene значно відрізнявся (p < 0,05) від їх лабораторного еталонного аналізу. Однак у дослідженні в Китаї15 результати аналізу Daan Gene суттєво відрізнялися (p < 0,05) від їх лабораторного еталонного аналізу.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异＂（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однак у дослідженні, проведеному в Китаї15, результати генетичного тесту Daan значно відрізнялися (p < 0,05) у порівнянні з його еталонним лабораторним тестом. Однак у дослідженні, проведеному в Китаї15, результати генетичного тесту Daan суттєво відрізнялися (p < 0,05) від результатів його контрольного лабораторного тесту.Ця розбіжність може бути пов’язана з чутливістю еталонного тесту для виявлення SARS-CoV-2, і подальші дослідження можуть бути важливими для визначення причини.
Крім того, наше дослідження оцінило порівняльну ефективність аналізу SARS-CoV-2 BGI з CRS, показавши відмінну позитивну відсоткову збіг (PPA = 97,9%), негативну відсоткову збіг (NPA = 100%) і загальну відсоткову збіг за статтю ( OPA). ). = 98,8%). Значення Каппа Коена показали хорошу згоду (K = 0,975). Дослідження в Нідерландах16 і Китаї15 показали послідовні результати. Тест SARS-CoV-2 BGI — це тест на виявлення одного гена (ORF1a/b) з використанням 10 мкл елюату для ампліфікації/виявлення. Незважаючи на хорошу статистичну збіг з нашими еталонними результатами, аналіз пропустив два позитивні зразки (1,22%) від загального зразка. Це може мати величезні клінічні наслідки для динаміки передачі як на рівні пацієнта, так і на рівні громади.
Іншим порівняльним аналізом, включеним у це дослідження, був аналіз Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); загальний відсоток відповідності склав 96,3%. Ступінь згоди також визначався значенням Каппа Коена, яке становило 0,925, що вказує на повну згоду з CRS. Знову ж таки, наші результати ідентичні дослідженням, проведеним у Центральному південному університеті в Чанша, Китай, і у відділенні клінічної лабораторії Народної лікарні Лючжоу, місто Лючжоу, Китай17. Незважаючи на те, що була зареєстрована вищезазначена хороша статистична відповідність, тест хі-квадрат (тест МакНемара) показав, що результат аналізу Sansure Biotech мав статистично значущу різницю порівняно з CRS (p < 0,005). Незважаючи на те, що була зареєстрована вищезазначена хороша статистична відповідність, тест хі-квадрат (тест МакНемара) показав, що результат аналізу Sansure Biotech мав статистично значущу різницю порівняно з CRS (p < 0,005). Незважаючи на те, що було зафіксовано вказане вище хороше статистичне відповідність, критерій хі-квадрат (критерій Макнемара) показав, що результат аналізу Sansure Biotech має статистично значущу відмінність у порівнянні з CRS (p < 0,005). Незважаючи на те, що було зафіксовано хорошу статистичну відповідність вище, тест хі-квадрат (тест МакНемара) показав, що результат аналізу Sansure Biotech мав статистично значущу різницю порівняно з CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异 (p < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果与 crs 相比 具有 显着 （（(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。))）) Незважаючи на вище зазначене хороше статистичне відповідність, критерій хі-квадрат (критерій Макнемара) показав статистично значущу різницю (p < 0,005) між аналізом Sansure Biotech і CRS. Незважаючи на зазначену вище статистичну відповідність, тест хі-квадрат (тест Мак-Немара) показав статистично значущу різницю (p < 0,005) між аналізом Sansure Biotech і CRS.Шість зразків (3,66%) виявилися помилково негативними порівняно з CRS (додаткова таблиця 1); це дуже важливо, особливо враховуючи динаміку передачі вірусу. Наведені вище дані також підтверджують цей низький рівень виявлення15.
У цьому дослідженні значення Ct були визначені для кожного аналізу та відповідної платформи, при цьому найнижче середнє значення Ct було зазначено в аналізі SARS-CoV-2 компанії Abbott. Цей результат може бути пов’язаний із системою одночасного комбінованого генетичного тестування компанії Abbott для виявлення SARS-CoV-2. Таким чином, згідно з малюнком 1, 87,6% результатів Abbott SARS-CoV-2 мали значення Ct нижче 20. Лише невелика кількість результатів зразків (12,4%) були в діапазоні 20-30. Значення Ct вище 30 не фіксувалися. На додаток до використання компанією Abbott панелі формату генетичного тестування SARS-CoV-2, цей результат може бути пов’язаний із нижньою межею виявлення (32,5 копій РНК/мл)18, яка втричі нижча за нижню межу компанії в 100 копій РНК. /мл. мл)19.
Це дослідження має певні обмеження: по-перше, ми не маємо стандартних/еталонних методів [таких як вірусне навантаження чи інші лабораторні тести (LDA)] через брак ресурсів. По-друге, усі зразки, використані в цьому дослідженні, були мазками з носоглотки, тоді як результати не були застосовні до інших типів зразків, і по-третє, розмір нашої вибірки був малим.
У цьому дослідженні порівнювали ефективність чотирьох аналізів rRT-PCR на SARS-CoV-2 з використанням назофарингеальних зразків. Усі аналізи виявлення мали майже порівнянну продуктивність, за винятком аналізу Sansure Biotech. Крім того, низький рівень позитивності виявлено в аналізі Sansure Biotech порівняно з CRS (p <0,05). Крім того, низький рівень позитивності виявлено в аналізі Sansure Biotech порівняно з CRS (p <0,05). Крім того, в тесті Sansure Biotech був виявлений низький відсоток позитивних результатів у порівнянні з CRS (p < 0,05). Крім того, тест Sansure Biotech показав низький відсоток позитивних результатів порівняно з CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Крім того, аналіз Sansure Biotech мав більш низький рівень позитивних результатів у порівнянні з CRS (p < 0,05). Крім того, аналіз Sansure Biotech мав нижчий рівень позитивності порівняно з CRS (p < 0,05).Аналіз Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA та загальної згоди перевищив 93,5% зі значенням сили згоди Коена Каппи 0,925. Нарешті, Sansure Biotech Assay (RUO) потребує подальшої перевірки для використання в Ефіопії, і слід розглянути додаткові дослідження для оцінки заяв окремих виробників.
Порівняльний дизайн дослідження проводився в чотирьох закладах охорони здоров’я в Аддіс-Абебі, лікарні Ека Котебе, лікувальному центрі Millennium Church, меморіальній лікарні Зевудіту та спеціалізованій лікарні для лікування туберкульозу Святого Петра. Дані були зібрані в період з 1 по 31 грудня 2020 року. Медичні заклади для цього дослідження були обрані цілеспрямовано з огляду на велику кількість випадків захворювання та наявність основних лікувальних центрів у місті. Подібним чином інструменти, включаючи прилади ABI 7500 і Abbott m2000 для ПЛР в режимі реального часу, були обрані відповідно до рекомендацій виробників реагентів NAAT, і для цього дослідження було обрано чотири набори для виявлення ПЛР, оскільки більшість лабораторій в Ефіопії використовували щонайменше чотири з них. Генний тест, тест Abbott SARS-CoV-2, тест Sansure Biotech і тест SARS-CoV-2 BGI, проведені під час дослідження).
Тестування на SARS-CoV-2 було проведено з 1 по 30 грудня 2020 року з використанням 3 мл середовища для транспортування вірусів (VTM) (Miraclean Technology, Шеньчжень, Китай) від осіб, яких досліджували щодо COVID-19, направлених до EPHI. Зразки з носоглотки збирали навчені збирачі зразків і відправляли до EPHI в трьох упаковках. Перед виділенням нуклеїнової кислоти кожному зразку присвоюється унікальний ідентифікаційний номер. Екстракція проводиться з кожного зразка відразу після прибуття за допомогою ручного та автоматичного методів екстракції. Таким чином, для автоматичної екстракції Abbott m2000, 1,3 мл (включаючи 0,8 мл мертвого об’єму та 0,5 мл вхідного об’єму екстракції) зразка було виділено з кожного зразка та пропущено через систему підготовки зразків ДНК Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, Іллінойс, США). ) Партію з 96 [92 зразків, двох контролів для виявлення та двох нешаблонних контролів (NTC)] було включено до загального процесу (вилучення та виявлення) двох раундів SARS-CoV-2 (EUA) у режимі реального часу. видобуток корисних копалин. Так само для ручного вилучення використовуйте ті самі зразки (для автоматичного вилучення та виявлення). Таким чином, протягом усього процесу 140 мкл зразків було аліквотовано та екстраговано за допомогою міні-набору QIAamp Viral RNA (QIAGEN GmbH, Гільден, Німеччина) партіями по 24 зразки (включаючи 20 зразків, два контрольних аналізу та два NTC) протягом дев’яти циклів. Екстраговані вручну елюати ампліфікували та виявляли за допомогою термоциклера ABI 7500 за допомогою аналізу SARS-CoV-2 BGI, аналізу Daan Gene та аналізу Sansure Biotech.
Автоматизоване виділення та очищення РНК вірусу SARS-CoV-2 відбувається за принципом магнітних кульок із використанням реагентів для підготовки зразків ДНК Abbott. Інактивація зразків і солюбілізація вірусних частинок здійснюється за допомогою детергенту, що містить гуанідинізотіоціанат, для денатурації білка та інактивації РНКази. Потім РНК відокремлюють від білка твердофазним відділенням за допомогою діоксиду кремнію, тобто сіль гуанідинію та лужний рН буфера для лізису сприяють зв’язуванню нуклеїнових кислот із діоксидом кремнію (SiO2). Етап промивання видаляє залишки білків і сміття для отримання прозорого розчину. Прозору РНК виділяють із мікрочастинок на основі кремнезему за допомогою магнітного поля приладу20,21. З іншого боку, ручне виділення та очищення РНК здійснюється методом спінової колонки з використанням центрифугування замість магнітної підставки та відділення мікрочастинок від елюенту.
Тест Abbott Real-Time Detection SARS-CoV-2 (Abbott Molecular, Inc.) проводився відповідно до інструкцій виробника, який отримав EUA19,22 від ВООЗ та FDA. У цьому протоколі інактивацію зразка перед екстракцією проводили на водяній бані при 56 °C протягом 30 хв. Після інактивації вірусу проводили екстракцію нуклеїнової кислоти на приладі Abbott m2000 SP з 0,5 мл VTM за допомогою системи підготовки зразків ДНК Abbott m2000. за даними виробника. Ампліфікацію та детекцію проводили за допомогою приладу Abbott m2000 RT-PCR, а подвійну детекцію проводили для генів RdRp і N. ROX) і VIC P (запатентований барвник) для націлювання та виявлення внутрішнього контролю, що дозволяє одночасно виявляти обидва продукти ампліфікації 19 .
Метод виявлення ампліфікації цього набору заснований на одноетапній технології RT-PCR. Гени ORF1a/b і N були обрані як консервативні області генною технологією Daan для виявлення ампліфікації цільової області. Спеціальні праймери та флуоресцентні зонди (зонди генів N, мічені FAM, зонди ORF1a/b, мічені VIC) були розроблені для виявлення РНК SARS-CoV-2 у зразках. Остаточний елюент і основні суміші готували шляхом додавання 5 мкл елюенту до 20 мкл основної суміші до кінцевого об’єму 25 мкл. Ампліфікацію та детекцію проводили одночасно на приладі ПЛР у реальному часі ABI 750024.
Гени ORF1a/b та N були виявлені за допомогою набору для діагностики нуклеїнових кислот Sansure Biotech nCoV-2019 (флуоресцентна ПЛР-детекція). Підготуйте спеціальні зонди для кожного цільового гена, вибравши канал FAM для області ORF1a/b і канал ROX для гена N. До цього набору для аналізу елюент і реагенти основної суміші додаються таким чином: підготуйте 30 мкл реагенту основної суміші та 20 мкл елюйованого зразка для виявлення/ампліфікації. Для ампліфікації/виявлення використовували ПЛР у реальному часі ABI 750025.
Тест SARS-CoV-2 BGI — це флуоресцентний набір rRT-PCR у реальному часі для діагностики COVID-19. Цільова область розташована в області ORF1a/b геному SARS-CoV-2, що є методом виявлення одного гена. Крім того, ген домашнього господарства людини β-актин є внутрішньо регульованим цільовим геном. Основну суміш готують шляхом змішування 20 мкл реагенту основної суміші та 10 мкл екстрагованого зразка РНК у лунковому планшеті26. Для ампліфікації та детекції використовували флуоресцентний кількісний ПЛР-інструмент у реальному часі ABI 7500. Усю ампліфікацію нуклеїнової кислоти, умови проведення ПЛР для кожного аналізу та інтерпретацію результатів виконували відповідно до інструкцій відповідного виробника (табл. 3).
У цьому порівняльному аналізі ми не використовували еталонний стандартний метод для визначення відсотка узгодження (позитивного, негативного та загального) та інших параметрів порівняння для чотирьох аналізів. Кожне тестове порівняння проводилося за допомогою CRS, у цьому дослідженні CRS встановлювався за правилом «будь-який позитивний результат», а результат визначався, а не одним тестом, ми використовували принаймні два збігаються результати тесту. Крім того, у разі передачі COVID-19 хибнонегативні результати більш небезпечні, ніж хибнопозитивні. Таким чином, щоб сказати «позитивний» якомога точніше за результатом CRS, принаймні два аналізи повинні бути позитивними, тобто принаймні один позитивний результат, ймовірно, надійде з аналізу EUA. Таким чином, з чотирьох результатів тесту два або більше результати тесту, які дають однаковий результат, вважаються істинно позитивними або негативними18,27.
Дані збирали за допомогою структурованих форм вилучення даних, введення та аналіз даних проводили за допомогою статистичного програмного забезпечення Excel і SPSS версії 23.0 для описової статистики. Було проаналізовано позитивну, негативну та загальну відсоткову згоду, а для визначення ступеня збігу кожного методу з CRS використовувався бал Каппа. Значення Каппа інтерпретуються наступним чином: від 0,01 до 0,20 для легкої згоди, від 0,21 до 0,40 для загальної згоди, 0,41-0,60 для помірної згоди, 0,61-0,80 для значної згоди та 0,81-0,99 для повної згоди28.
Етичний дозвіл було отримано від Університету Аддіс-Абеби, і всі експериментальні протоколи для цього дослідження були схвалені Радою з питань наукової етики Ефіопського інституту громадського здоров’я. Номер ліцензії EPHI з питань етики – EPHI/IRB-279-2020. Усі методи застосовувалися відповідно до рекомендацій і положень Ефіопського національного комплексного керівництва з лікування COVID-19. Крім того, письмова інформована згода була отримана від усіх учасників дослідження до участі в дослідженні.
Усі дані, отримані або проаналізовані в цьому дослідженні, включені в цю опубліковану статтю. Дані, що підтверджують результати цього дослідження, доступні у відповідного автора за обґрунтованим запитом.
Всесвітня організація охорони здоров’я. Рекомендації щодо стратегій лабораторного тестування на COVID-19: Тимчасове керівництво, 21 березня 2020 р. № WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (ВООЗ, 2020 р.).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Інтелектуальна діагностика COVID-19 у відділенні невідкладної допомоги: All-in на практиці. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Інтелектуальна діагностика COVID-19 у відділенні невідкладної допомоги: All-in на практиці.Муліу, Д. С., Пантазопулос, І. та Гургуліаніс, К. І. Інтелектуальна діагностика COVID-19 у відділенні невідкладної допомоги: все на практиці.Муліу Д.С., Пантазопулос І. та Гургуляніс К.І. Інтелектуальна діагностика COVID-19 у відділеннях невідкладної допомоги: наскрізна інтеграція на практиці. Експерт Преподобний Респір. ліки. 3, 263–272 (2022).
Мітчелл, С. Л. та Сент-Джордж, К. Оцінка аналізу COVID19 ID NOW EUA. Мітчелл, С. Л. та Сент-Джордж, К. Оцінка аналізу COVID19 ID NOW EUA.Мітчелл, С.Л. та Сент-Джордж, К. Оцінка аналізу COVID19 ID NOW EUA.Мітчелл С.Л. і Сент-Джордж К. Оцінка аналізу COVID19 ID NOW EUA. J. Клінічний. Вірус. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
ВООЗ. Лабораторне виявлення коронавірусної хвороби 2019 (COVID-19) при підозрі на захворювання людини. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (переглянуто 15 серпня 2020 р.) (ВООЗ, 2020 р.).
Удугама, Б. та ін. Діагностика COVID-19: захворювання та засоби тестування. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. та ін. Створення коледжу патологів Східної, Центральної та Південної Африки – Регіональної школи патології Близького Сходу та Південної Африки. Африка. J. Lab. ліки. 9(1), 1-8 (2020).
Ефіопський інститут громадського здоров'я Федерального міністерства охорони здоров'я. Тимчасова національна стратегія та рекомендації щодо лабораторної діагностики COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (перевірено 12 серпня 2020 р.) (EPHI, 2020 р.).
Волошин С., Патель Н. і Кессельхайм А. С. Проблеми та наслідки хибнонегативних тестів на інфекцію SARS-CoV-2. Волошин С., Патель Н. і Кессельхайм А. С. Проблеми та наслідки хибнонегативних тестів на інфекцію SARS-CoV-2.Волошин С., Патель Н. і Кессельхейм А. С. Хибнонегативні тести на інфекції SARS-CoV-2 та їх наслідки.Волошин С., Патель Н. та Кессельхейм А. С. Хибнонегативні тести на провокацію та вплив інфекції SARS-CoV-2. Н. інж. Ж. Медицина. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Хибнопозитивні та хибнонегативні випадки COVID-19: Респіраторна профілактика та стратегії лікування, вакцинація та подальші перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Хибнопозитивні та хибнонегативні випадки COVID-19: Респіраторна профілактика та стратегії лікування, вакцинація та подальші перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Хибнопозитивні та хибнонегативні випадки COVID-19: респіраторна профілактика та стратегії лікування, вакцинація та шлях уперед.Муліу, Д. С. та Гургуляніс, К. І. Хибнопозитивні та хибнонегативні випадки COVID-19: стратегії респіраторної профілактики та лікування, вакцинація та шлях уперед. Експерт Преподобний Респір. ліки. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Діагностика COVID-19 у відділенні невідкладної допомоги: побачити дерево, але втратити ліс. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Діагностика COVID-19 у відділенні невідкладної допомоги: побачити дерево, але втратити ліс.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Konstantinos, G. COVID-19 Diagnosis in Emergency Department: See the Tree, Lose the Forest.Muliou DS, Ioannis P., and Konstantinos G. COVID-19 Diagnosis in Emergency Rooms: недостатньо лісу для дерев. З'являтися. ліки. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. та ін. Валідація та валідація аналітичної та клінічної ефективності аналізу Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Клінічний. Вірус. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Порівняння п’яти наборів праймерів з різних областей геному COVID-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Порівняння п’яти наборів праймерів з різних областей геному COVID-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. та Aflatunyan, B. Порівняння п’яти наборів праймерів з різних регіонів геному COVID-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Порівняння 5 різних генетичних регіонів COVID-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. і Aflatunyan B. Порівняння п’яти наборів праймерів з різних регіонів геному COVID-19 для виявлення вірусної інфекції за допомогою звичайної RT-PCR.Іран. Ж. Мікробіологія. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. та ін. Попередні результати національної програми зовнішньої оцінки якості виявлення послідовностей геному SARS-CoV-2. J. Клінічний. Вірус. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. та ін. Аналітична оцінка ефективності п'яти наборів RT-PCR для важкого гострого респіраторного синдрому, коронавірус 2. J. Clinical. лабораторія. задній прохід. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. та ін. Оцінка семи комерційно доступних наборів для виявлення РНК SARS-CoV-2 у Китаї на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) у реальному часі. клінічний. хімічний. лабораторія. ліки. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB та ін. Порівняння семи комерційних наборів для діагностики COVID-19 RT-PCR. J. Клінічний. Вірус. 128, 104412 (2020).
Лу, Ю та ін. Порівняння діагностичних характеристик двох наборів ПЛР для виявлення нуклеїнових кислот SARS-CoV-2. J. Клінічний. лабораторія. задній прохід. 34(10), e23554 (2020).
Лефарт, PR тощо. Порівняльне дослідження чотирьох платформ тестування ампліфікації нуклеїнової кислоти SARS-CoV-2 (NAAT) показало, що продуктивність ID NOW значно погіршилася залежно від пацієнта та типу зразка. діагностика. мікробіології. Інфікувати. дис. 99(1), 115200 (2021).
Молекула Еббота. Інструмент для аналізу SARS-CoV-2 компанії Abbott у реальному часі. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Станом на 10.08.2020) (2020).
Klein, S. та ін. Виділення РНК SARS-CoV-2 за допомогою магнітних кульок для швидкого широкомасштабного виявлення за допомогою RT-qPCR та RT-LAMP. Вірус 12(8), 863 (2020).
Час публікації: 08 грудня 2022 р
Налаштування конфіденційності